Bestalde, kriptan, 2000tik 2009ra, Agustin Azkarateren agindupean, EHUko Eraikitako Ondarea Ikertzeko taldeak katedralaren barruko eta bere inguruko kanpoaldeko zati handi batean egindako indusketa arkeologikoak hasierako itxaropen guztiak gainditu ditu eta gure hiriaren historia agerian jartzen duen eraikuntza segida bat azaleratu du. Hiria sortu zenetik Goi Erdi Arora arte, tenplua eraiki zen arte.>
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Por su parte, en la cripta, la excavación arqueológica del interior de la catedral y de gran parte de su entorno exterior, realizada entre los años 2000 y 2009 por el Grupo de Investigación en Patrimonio Construido de la EHU-UPV dirigido por Agustín Azkarate, ha sobrepasado las expectativas iniciales, y han puesto al descubierto una secuencia de construcciones que muestra la historia de la ciudad desde su nacimiento en la Alta Edad Media hasta la construcción del edificio.
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